In Ninja Reflex stellt der Spieler in einer Reihe von Kampfsport-Herausforderungen seine Reaktionsgeschwindigkeit unter Beweis. Seine Ergebnisse werden auf die Millisekunde genau gemessen. Das Ziel ist es seine Ninja Reflexe zu trainieren und zu perfektionieren um sich den schwarzen Gürtel vom Sensei zu verdienen. Zudem können bis zu vier Spieler gleichzeitig in Mehrspieler-Kämpfen den ultimativen Ninja ermitteln.